David Webb, dawny agent sekretnej komórki CIA o pseudonimie Jason Bourne, wiedzie spokojne życie i pracuje jako profesor lingwistyki na Uniwersytecie Georgetown. Jednak już niebawem przeszłość upomni się o niego z całą stanowczością.
Gdy ktoś strzela do niego na terenie kampusu, David natychmiast podejrzewa, iż zamach ma związek z jego niebezpieczną profesją. Tylko jeden człowiek wie o niej więcej, niż on sam – Alex Conklin, agent CIA, który go kiedyś wyszkolił. Ten leży już jednak w swojej posiadłości z kulą w głowie. Obok niego znajduje się drugie ciało –zastrzelonego Morrisa Panova, psychoterapeuty, który starał się uleczyć pokiereszowaną psychikę Jasona.
Bourne coraz mocniej odczuwa zaciskającą się wokół niego pętlę pułapki. Wrobiony w morderstwo, ścigany przez policję, CIA i zawodowego zabójcę, musi dowiedzieć się, kim jest człowiek, który pociąga za wszystkie sznurki i dlaczego chce go zlikwidować...
Podążając tropem znalezionej w domu Conklina kartki, na której przyjaciel zapisał tajemniczą nazwę „NX 20”, Bourne odkrywa, że śmierć mężczyzn ma związek ze zniknięciem doktora Schiffera prowadzącego tajne badania nad nową bronią biologiczną.
