Książka jest propozycją przepisania historii Polski oraz przedstawienia jej społeczno-kulturowej tożsamości przy pomocy narzędzi teoretycznych, które albo w ogóle, albo w niewielkim tylko stopniu wykorzystano kiedykolwiek w tym celu – teologii politycznej, Lacanowskiej psychoanalizy, teorii systemów-światów, studiów postkolonialnych, ontologii wydarzenia Alaina Badiou czy teorii hegemonii.
Tytułowa figura „fantomowego ciała króla” nawiązuje do koncepcji „dwóch ciał króla” przedstawionej niegdyś błyskotliwie przez Ernsta Kantorowicza w książce pod takim samym tytułem. Poprzez metaforę fantomowego ciała Sowa opisuje I Rzeczpospolitą, której kondycję determinował przede wszystkim szereg braków. Pokazuje, że począwszy od śmierci Zygmunta II Augusta, ostatniego dziedzicznego króla Polski i Litwy, Rzeczpospolita nie istniała jako państwo w ścisłym tego słowa znaczeniu, ale była raczej fantomem, urojeniem, wyobrażeniem. Owo nieistnienie położyło się cieniem na losach Polski od wczesnej nowoczesności wieków XVI i XVII, przez rozbiory aż po czasy współczesne.
„Fantomowe ciało króla” nie jest jednak typową pracą historyczną. Jej przedmiot to przede wszystkim współczesna Polska i jej problemy z nowoczesnością. Na kartach książki w zaskakujący i – jak się okazuje – inspirujący sposób Wallerstein spotyka się z Gombrowiczem, Brzozowski z Lacanem, Lefort z Andersonem a Gramsci i Laclau ze staropolskimi sarmatami, aby wyjaśnić zagadkę, jaką była i jest Polska.