Urodził się na Mazowszu, tam również otrzymał wykształcenie – w kolegium jezuickim w Rawie Mazowieckiej. Przez 10 lat prowadził życie żołnierza, m.in. pod dowództwem hetmana Stefana Czarnieckiego zapuścił się, w walce przeciw królowi szwedzkiemu Karolowi X Gustawowi, aż do Danii. Był typowym szlacheckim warchołem, awanturnikiem procesującym się nieustannie. Aż pięciokrotnie skazano go na wygnanie, a w samym schyłku życia na utratę czci. W 1667 r. ustatkował się i od tego czasu mieszkał, jako ziemianin, we wsi Smogorzów, w Świętokrzyskiem. W ostatniej dekadzie życia spisywał „Pamiętniki”, podzielone, tak jak losy autora, na część żołnierską i ziemiańską. Zostały one wydane dopiero prawie 140 lat po jego śmierci. Dzieło to nazywano epopeją polskich Sarmatów, a czerpali z niego natchnienie najwybitniejsi polscy poeci i pisarze: Adam Mickiewicz, Juliusz Słowacki, Zygmunt Krasiński, Józef Ignacy Kraszewski i Henryk Sienkiewicz.
Jan Chryzostom Pasek pochowany został najprawdopodobniej w Stopnicy, w klasztorze Sercanów.