Reżyser, scenarzysta, operator, producent filmowy, także pisarz. Absolwent Wydziału Operatorskiego łódzkiej filmówki. W latach 1977– 81 pracował w Ośrodku TVP Wrocław. Początkowo realizował filmy krótkometrażowe i dokumentalne, m.in. oświatowe i przyrodnicze. Jego debiutem fabularnym był „Pogrzeb kartofla” z 1990 r. Za kolejny film „Pograbek” (1992) został wyróżniony m.in. Don Kichotem przyznawanym podczas Lubuskiego Lata Filmowego. Trzeci z obrazów Kolskiego – „Jańcio Wodnik” (1993) – okazał się wielkim sukcesem. Film otrzymał Nagrodę dziennikarzy i Nagrodę Specjalną Jury na FPFF w Gdyni, nagrodę słowackich krytyków filmowych na Festiwalu „Forum”, nagrodę honorową „Znalezisko” i nagrodę główną na Festiwalu Młodego Kina Wschodnioeuropejskiego, „Srebrne Grono” i Nagrodę Organizatorów im. Juliusza Burskiego przyznawane podczas Lubuskiego Lata Filmowego, Grand Prix na MFF „Złoty Rycerz”. Nagrody zdobyły także następne filmy reżysera, m.in.: „Szabla od komendanta” (1995), „Historia kina w Popielawach” (1998), „Daleko od okna” (2001), „Pornografia” (2003), „Jasminum” (2006) i „Wenecja” (2010).
Od 2000 r. Jan Jakub Kolski należy do Europejskiej Akademii Filmowej.
Jest również autorem książek: „Jańcio Wodnik i inne opowiadania”, „Kulka z chleba”, „Mikroświaty: opowiadania” i „Jadzia i małoludki”.
Za „wybitne zasługi dla kultury narodowej i osiągnięcia w twórczości artystycznej oraz działalności dydaktycznej” w 2011 r. został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski.