Rok 1752. Do Rohatyna na Podolu przybywają kasztelanowa Katarzyna Kossakowska i towarzysząca jej poetka Elżbieta Drużbacka. Wśród gości na powitalnej kolacji jest miejscowy proboszcz Benedykt Chmielowski, autor pierwszej polskiej encyklopedii. Ksiądz i poetka, osoby rozmiłowane w księgach, szybko znajdują wspólny język – rozpoczynają rozmowę, którą kontynuować będą w listach.
Nieco później, także na Podolu, pojawia się młody, przystojny i charyzmatyczny Żyd – Jakub Lejbowicz Frank. Przybysz z odległej Smyrny zaczyna głosić idee, które szybko dzielą społeczność żydowską. Dla jednych heretyk, dla innych zbawca niebawem ma wokół siebie krąg oddanych sobie uczniów, a wywołany przezeń ferment może odmienić bieg historii.
Olga Tokarczuk pełnymi garściami czerpie z tradycji powieści historycznej, poszerzając jej granice gatunkowe. Z ogromną dbałością o szczegóły przedstawia realia epoki, architekturę, ubiory, zapachy. Odwiedzamy szlacheckie dwory, katolickie plebanie i żydowskie domostwa, rozmodlone i zanurzone w lekturze tajemniczych pism. Na oczach czytelników pisarka tka obraz dawnej Polski, w której egzystowały obok siebie chrześcijaństwo, judaizm, a także islam.
„Księgi Jakubowe” to nie tylko powieść o przeszłości. Można ją czytać również jako refleksyjne, momentami mistyczne dzieło o samej historii, jej zakrętach i trybach, które decydują o losach całych narodów. To właśnie w połowie XVIII w., u progu oświecenia i przed rozbiorami, wybitna pisarka poszukuje odpowiedzi na pytania o dzisiejszy kształt naszej części Europy.