Po roku nauki w Akademii Szpiegostwa CIA Ben ledwo trafia do tarczy (cud, że się nie postrzelił), z samoobroną idzie mu kiepsko, na szczęście lepiej radzi sobie z szyframi. Marzy już o wakacjach, ale z odpoczynku nici – znów ściga go organizacja terrorystyczna Pająk. Nie poradziłby sobie, gdyby nie wybitna szpieżka Erica Hale. To najsprawniejsza przyszła agentka w całej szkole, a przy okazji najmądrzejsza dziewczyna, jaką Ben w życiu spotkał. Tych dwoje świetnie się uzupełnia, choć nie bez zgrzytów.
Druga część „Szkoły szpiegów” to nie jest historia dla grzecznych dziewczynek i chłopców. Żeby przeżyć w świecie agentów, trzeba być niezłym spryciarzem albo… mieć ekipę, która poradzi sobie z każdą trudną sytuacją.